全銀協は、銀行が参加する決済システム等の企画・運営を行っています。
銀行は、現金で清算することが困難な、企業間あるいは企業と個人・政府等との間の債権・債務を清算するために、振込・振替、手形・小切手等の資金決済サービスを提供していますが、この資金決済サービスを支える基盤が銀行間の「決済システム」です。
わが国の決済システムとしては、最終的な資金決済を行う日本銀行の当座預金決済（日銀ネット）がありますが、全銀協および一般社団法人全国銀行資金決済ネットワークが運営主体となっているものとして、振込・送金等を担う内国為替制度（全銀システム）、外国為替取引の円決済を担う外国為替円決済制度、および手形・小切手等の決済を担う手形交換制度（手形交換所）の3つがあります。これらは、いずれも銀行が提供する資金決済サービスを効率的に行えるようにするための基盤であり、経済活動のインフラとして公共性の高いものといえます。
また、こうしたインフラとしては、各銀行が発行するキャッシュカードを用いた預金の引出し等に係るCD・ATMのオンライン提携（全国キャッシュサービス）やマルチペイメントネットワーク（MPN）、外国送金等の世界的なネットワークである「SWIFT」などがあります。
これらに加えて、全銀協が近年設立した法人が、短期金融市場におけるインターバンク取引の指標金利である「全銀協TIBOR」の算出・公表や、電子記録債権「でんさい」の記録・流通に関する事業を運営しており、それぞれの貸出取引や、企業間決済のインフラとしての役割を果たしています。
